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用Taqman MGB探針研究中國(guó)人群TNF-α基因啟動(dòng)子區(qū)單核苷酸多態(tài)性
[目的]了解中國(guó)人群腫瘤壞死因子α(the tumour necrosis factor α,TNF-α)基因啟動(dòng)子區(qū)多態(tài)性.[方法]隨機(jī)選取20名深圳地區(qū)漢族健康體檢者,采用兩對(duì)引物PCR擴(kuò)增TNF-α基因啟動(dòng)子區(qū)(-1389nt～+125 nt),對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行序列分析,尋找單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(single nucleotide polymorphisms,SNPs).采用Taqman MGB探針建立了-857nt(C/T)位點(diǎn)的實(shí)時(shí)定量PCR(the real-time PCR)分型方法,并對(duì)中國(guó)漢族、壯族、布依族,水族及苗族群體共1 108份樣本進(jìn)行了基因分型.[結(jié)果]在啟動(dòng)子區(qū)(-1322nt～+67 nt),發(fā)現(xiàn)6個(gè)SNP位點(diǎn),即-885(A/G)、-863(C/A)、-646(G/A)、-648(G/A)、-568(G/C)和-857(C/T,其中位點(diǎn)-646 nt(G→A)為新發(fā)現(xiàn)SNP.-885、-648及-568nt位點(diǎn)堿基雖然與Genbank不同,但測(cè)序的20個(gè)個(gè)體基因分型相同.中國(guó)人群-857nt(C/T)位點(diǎn)基因型頻率分別為0.79(CC),0.19(CT)和0.02(TT),中國(guó)漢族、壯族、布依族,水族及苗族群體間無(wú)顯著性差異.中國(guó)人群-857T等位基因頻率為0.116,與文獻(xiàn)報(bào)道的韓國(guó)人群相同,但比日本人群低.[結(jié)論]中國(guó)人群TNF-α基因啟動(dòng)子區(qū)單核苷酸多態(tài)性可能較保守.采用Taqman MGB探針實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)對(duì)SNPs進(jìn)行基因分型簡(jiǎn)便、快速及準(zhǔn)確,易于自動(dòng)化,為大規(guī)模的疾病相關(guān)性研究提供了有效的工具.
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