氨基酸非鍵作用指數(shù)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預(yù)測(cè)研究

目的 預(yù)測(cè)SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位.方法 從分子的三維空間結(jié)構(gòu)出發(fā),基于靜電、立體、疏水這三類與生物活性直接相關(guān)的非鍵作用方式,經(jīng)主成分分析技術(shù)(PCA)得到了一種新的分子結(jié)構(gòu)表達(dá)方法--氨基酸非鍵作用指數(shù).利用該指數(shù)結(jié)合偏最小二乘(PLS)算法對(duì)152個(gè)HLA-A*0201限制性CTL表位進(jìn)行了定量構(gòu)效關(guān)系(QSAR)建模,再使用該模型對(duì)SSX-1和SSX-4抗原HLA.A*0201限制性表位進(jìn)行預(yù)測(cè).結(jié)果 預(yù)測(cè)出8個(gè)活性值大于7的九肽表位.結(jié)論 通過(guò)對(duì)SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的預(yù)測(cè),從而為SSX-1和SSD-4抗原HLA-A*0201限制性表位的實(shí)驗(yàn)探測(cè)和鑒定打下了基礎(chǔ).

作 者： 張夢(mèng)軍 周鵬 李聲時(shí) 肖正華 鄧金 ZHANG Meng-jun ZHOU Peng LI Sheng-shi XIA Zheng-hua DENG Jing   作者單位： 張夢(mèng)軍,肖正華,鄧金,ZHANG Meng-jun,XIA Zheng-hua,DENG Jing(第三軍醫(yī)大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)系分析化學(xué)教研室,重慶,400038)

周鵬,李聲時(shí),ZHOU Peng,LI Sheng-shi(湖南大學(xué)化學(xué)生物傳感與計(jì)量學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,長(zhǎng)沙,410082;重慶大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶,400044) 

刊 名： 免疫學(xué)雜志  ISTIC PKU 英文刊名： IMMUNOLOGICAL JOURNAL  年，卷(期)： 2007 23(4)  分類號(hào)： O641.12  關(guān)鍵詞： SSX-1   SSX-4   氨基酸非鍵作用指數(shù)   HLA-A*0201   CTL表位   定量構(gòu)效關(guān)系  

【氨基酸非鍵作用指數(shù)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預(yù)測(cè)研究】相關(guān)文章：

氨基酸廣義疏水標(biāo)度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預(yù)測(cè)04-26

限制性和非限制性定語(yǔ)從句05-04

斷鍵與非鍵電子學(xué)的理論及應(yīng)用研究初探04-26

基于非平穩(wěn)時(shí)間序列的陀螺漂移性能建模與預(yù)測(cè)方法研究04-26

密度泛函理論研究冠醚與K+配位的定量構(gòu)效關(guān)系04-26

鍋爐的定性定量安全評(píng)價(jià)方法研究04-27

流域生態(tài)服務(wù)補(bǔ)償定量標(biāo)準(zhǔn)研究04-26

河流水污染定量研究進(jìn)展04-27

基于人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)腐蝕損傷定量預(yù)測(cè)04-27

淺談?lì)A(yù)測(cè)地震的方法研究04-27