胰蛋白酶和苯酰氨類抑制劑結合自由能的預測

用基于線性響應近似的自由能預測方法計算胰蛋白酶和苯酰氨類抑制劑的結合自由能.計算結果表明,單參數(shù),雙參數(shù)和三參數(shù)模型具有相似的線性回歸系數(shù),但三參數(shù)和雙參數(shù)模型的交互驗證回歸系數(shù)要明顯優(yōu)于單參數(shù)模型.從預測能力來看,雙參數(shù)模型和三參數(shù)模型都能夠很好地預測測試集中抑制劑的結合自由能,其中雙參數(shù)模型預測的結果要略優(yōu)于三參數(shù)模型的預測結果.對測試集中的抑制劑,雙參數(shù)模型預測得到的預測自由能和實際自由能之間平均絕對誤差僅為1.15 kJ/mol.自由能計算模型以及分子動力學軌跡能很好地解釋抑制劑結構和活性的關系,為藥物設計提供了重要的結構信息.

作 者： 侯廷軍 朱麗荔 章威 喬學斌 徐筱杰   作者單位： 北京大學化學與分子工程學院,北京大學養(yǎng)生堂天然藥物研究室,北京,100871  刊 名： 化學學報  ISTIC SCI PKU 英文刊名： ACTA CHIMICA SINICA  年，卷(期)： 2002 60(6)  分類號： O6  關鍵詞： 線性響應近似   胰蛋白酶   苯酰氨類抑制劑   分子動力學  

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